吴江区是水网地区，水上交通自古称便。晋凿东西向的頔塘，隋沟通南北向的江南运河，两河在吴江境内成丁字形交叉，烂溪（形成年代不详）是又一条南北向水道，1970年东西向的太浦河通航。吴江县是江浙沪皖毗邻地区的水运走廊。境内河岸低，淤泥层浅，沿岸处处可停船装卸。直至80年代，大宗物资如粮食、煤炭、钢铁、建筑材料等仍以水运为主。全县干线航道总长117.94公里，机动船通航里程338.16公里。

　　1993年航道普查定级，吴江区境内航道里程445公里，航道密度每平方公里0.38公里。有等级航道10条，等外级航道31条。其中京杭大运河、太浦河、长湖申线、苏嘉线（江南老运河）、苏申外港线5条干线航道，以平望为中心，形成水运网络。2005年，区内41条航道上共有桥梁231座，其中10条等级航道有桥梁77座，31条等外级航道有桥梁154座。此外，全区航道共有闸13座，船（套）闸11座，节制闸2座，均由水利部门所建。

　　2005年末，吴江区有内河港口装卸码头188个，其中松陵36个，盛泽30个，平望26个，芦墟15个，黎里19个，同里6个，震泽16个，横扇8个，桃源15个，七都17个。